遊戲共有四種結局，主線分為三個章節，分別是《穿長靴的貓》、《青鳥》、《小木偶皮諾丘》，每個章節分別暗示著不同人物間的關係。
第一章《穿長靴的貓》→瑪格麗特、席貝爾、亨利．浮士德的三角戀。
第二章《青鳥》→瑪格麗特與兄長瓦倫丁的衝突。
第三章《小木偶皮諾丘》→伊麗莎白與荷姆克魯斯的真實身份。
其中也穿插了其他童話，像是三隻小豬→福爾基亞斯三胞胎。
故事從少女父親的葬禮開始，不確定亨利．浮士德是否父親真名，少女對於葬禮感到厭煩，並且不想進入父親遺產的宅邸裡，嬸嬸無奈笑道：「只是進去確認一下有什麼東西而已。你放心，現在它是你們的東西了。」這裡其實是第一個伏筆。
少女進入了宅邸，接著遇到了紫色的魔鬼，紫色魔鬼問少女「你在這裡做什麼？如果要出去可否順便把門帶上？」由於一時嘴快，少女回道：「我才不要出去！」但其實少女打從一開始就不想進來，於是少女很快也後悔自己的口是心非。
於是紫色魔鬼譏笑反問少女，眼中甚至帶著欣喜：
「真的嗎？」
「伊麗莎白。」
「你回來了。」
直到這裡玩家才知道女主角的名字，此為一個伏筆。
而少女在一開始的態度，是消極的、厭煩的、不想進入宅邸、想離開宅邸的。雖然一時嘴快說「我才不要出去」，但當門出現後，少女還是反射性地衝出去，想要離開，卻發現，玄關的大門已經不見了只剩下牆。
這時畫面快速切換，先是一排病床的病房、站在少女位置的荷姆克魯斯、染血的地毯、接著紫色的人影又再次出現在少女身後。
在與對方辯論大門在哪裡的對話中，少女感到了倦意，同時也突然感到困惑，「為什麼你知道伊麗莎白這個名字？」，然後緩緩閉上眼睛，陷入黑暗，似乎就是暗示著夢境的開始。
醒來時是在床上，進入Item確認布娃娃，「不知道是什麼時候拿在手上」，仔細一看其實兔子布娃娃的造型是紫色的，手腳細長等特徵。重複調查有時會出現「只有倒映在布娃娃眼中的自己偶爾會笑」。
走到大廳後遇到了那自稱是「否定一切的精靈」的梅菲斯特。梅菲斯特與少女打了個賭，「如果你一直都很想離開，我會告訴你出去的路。但是如果你對在這裡度過的任何一秒惋惜，對經過的任何一秒說『你真美好，請你留下！』，那就是你輸了。」
於是少女開始尋找出口。
在Chapter 1.《穿長靴的貓》裡，交叉比對繪本、瑪格麗特、席貝爾、華格納醫生的日記，可以得知瑪格麗特是市長的女兒，有著精神疾病，住在療養院，同時也是華格納醫生的贊助人。雖然故事裡沒有明說，但是華格納醫生似乎經營著非法器官買賣與研究，時常收養一些孤兒並當成商品買賣，其中被瑪格麗特當成妖精的三胞胎，就是福爾基亞斯，也是其中的受害者。
「福爾基亞斯」的英文 Phorkyaden 是希臘神話中共用一顆眼睛與牙齒的三位命運女神，在歌劇浮士德中第二部出沒。在醫生的名單裡，對應瑪格麗特遇到妖精的十月有著三個同樣姓穆勒的名字，應該就是指福爾基亞斯三胞胎，第三名孩子名字旁註記著「眼角膜」，而其中一個福爾基亞斯便是用繃帶包著雙眼。三隻小豬的掛畫裡，只有小弟的畫被惡意的描繪成香腸。在與少女的捉迷藏遊戲中，只要有出現三隻小豬《Who's Afraid of the Big Bad Wolf》（誰怕大野狼）的音樂就是有三胞胎藏匿的房間，而換三胞胎當鬼時，三胞胎手上都拿著繩索，對主角進行擊殺時背景音會出現繩索勒緊的聲響，在官網的人物介紹圖裡，福爾基亞斯也是吊掛在繩索上的，因此推測三胞胎最後在醫生的器官賣賣與研究中，是被勒死與上吊的。
遊戲裡的席貝爾雖然看似只是隻黑貓，但其實是個人，後續被描述成黑色的看護，在日記裡自述「當我像隻流浪貓般落魄時，是她笑著伸出了手。」一如童話裡獲得了靴子的貓，被瑪格麗特拯救的席貝爾因此守護著瑪格麗特，在醫生的日記裡，被醫生當成是「市長的眼線」。
《穿長靴的貓》童話故事裡，老么（瑪格麗特）愛上了王子（亨利），卻被魔王關了起來，而穿長靴的貓把魔王給吃掉了。瑪格麗特的日記裡說「被母親禁止與那個人見面」，然而席貝爾的日記裡卻說，「家裡已經沒有人期待瑪格麗特回來了，也許對她而言，療養院才是家，從小看到大的醫生就像母親一樣吧」，由此可知，魔王=母親=華格納醫生。
「我們把母親留在水池旁」，而在水池旁就發現了席貝爾丟掉的斧頭和手環。在醫院的場景發現醫生的手冊名單時，伊麗莎白的背後也出現了高舉斧頭的人影襲擊，與Chapter 3出現過一名女醫師被黑衣看護持斧砍殺的鏡頭相同，也就是說伊麗莎白讀到名單時的位置，正好就是華格納醫生被砍殺時的位置。在Chapter 2調查地窖裡的酒窖，原本酒桶上寫的是動物的名字，在得到道具後也會變成人名，其中的「艾瑪」就在醫師的手冊名單上，註記著「七品脫」。酒窖裡的紅酒其實是鮮血。
簡單來說，在亨利的引導下，席貝爾發現了醫生買賣器官的名單上出現著瑪格麗特的名字，在一時衝動之下，砍殺了醫生，最後和瑪格麗特一同將屍體掩埋在水池旁。席貝爾事後承認自己慌了手腳，最後向亨利尋求協助。但在一開始，席貝爾其實知道亨利對瑪格麗特別有居心，但是卻因為瑪格麗特的笑容而向亨利妥協了。
席貝爾寫信給瓦倫丁，謊稱華格納醫生在風雪中失蹤，並聲稱瑪格麗特過得很好。然而瓦倫丁依舊不顧勸阻，前來尋找瑪格麗特想親眼確認她的狀況，此時瑪格麗特已經有了亨利的孩子，害怕兄長的到來。重複調查瑪格麗特日記，可以發現不同的內容，第一遍是正常樂觀的，第二遍是恐懼負面的。
第二章《青鳥》裡，伊麗莎白在庭院裡發現了瓦倫丁。一邊喊著頭痛、為什麼我會躺在這裡，要伊麗莎白趕快回家別待在這裡很危險的瓦倫丁，面容憔悴且急急忙忙的尋找著誰，就像是在尋找著童話裡的青鳥（妹妹）。
在這個章節，伊麗莎白總共會有四次與瓦倫丁的對話。其中第二次與第三次的對話內容是完全相同而重複的。然而瓦倫丁像是沒有認出眼前的少女，不斷詢問同樣的問題「妳有沒有看到一個女孩子經過這裡？」，對伊麗莎白而言，瓦倫丁是她名義上的舅舅，但她也沒有認出眼前的男人，暗示著舅甥兩人其實從未見過面。
童話裡的兄妹尋找青鳥，到擁有藥和針頭與機械的國度，但都沒有找到青鳥→瓦倫丁尋找各種治療瑪格麗特精神疾病的方法但都無效。
後來在天國抓到了青鳥→瑪格麗特病情一度好轉。其時間點是在醫生被殺死的半年後，她開始與亨利同居，認為這就是她的幸福，然而天國雖然象徵美好但也是死者的國度，也就是說，是虛假的幸福。
在回家的路上，青鳥變成紅色的了→瓦倫丁發現瑪格麗特的精神狀況其實根本就沒有好轉，而是活在自欺欺人的幻想裡。瓦倫丁看出亨利並不愛著妹妹，而妹妹卻與亨利私通未婚懷孕，對於妹妹失貞並所愛非人感到憤怒的瓦倫丁責罵妹妹，認定這不是他那乖巧純潔的妹妹，在與伊麗莎白的對話中也強調「她這麼乖，一定是被拐來的」，瓦倫丁堅持要帶走瑪格麗特並要她離開亨利，然而在兄妹兩人爭吵的過程中，卻被瑪格麗特推下陽台，墜樓而死。瑪格麗特的房間外有幅破碎的女子肖像畫，平時若去調查會被玻璃刺傷，然而在兄妹爭吵的劇情中調查，肖像畫的名稱是《憤怒的少女》。
而在Item項目裡，種在盆栽裡的種子在不知不覺間發芽開花，卻在瓦倫丁與瑪格麗特爭執的陽台上，從伊麗莎白的手中摔落成碎片。這裡呼籲著瑪格麗特的日記裡「紅色波斯菊、再十個月就會開花」、「快開花了，我的孩子」，種子在盆栽裡發芽，其實就是指，瑪格麗特懷有身孕的事。孩子在瑪格麗特的體內悄悄茁壯，然而摔裂的盆栽，也暗示著孩子尚未滿十個月，便在這場兄妹爭吵中流產了。劇情裡的CG只露出伊麗莎白的梅菲斯特的腿和破碎的盆栽，然而仔細一看，伊麗莎白在陽台上的倒影，雙腿是流著血的。倒影裡的腿其實是流產的瑪格麗特。
墜樓後的瓦倫丁再次與伊麗莎白再次對話，會發現對話與第一次相遇時一樣，事實上，瓦倫丁墜樓的地點與伊麗莎白第一次遇見她的地點，也是是一樣的。所以，在遊戲中的一開始瓦倫丁就已經死了，因此伊麗莎白不認得這個素未謀面的舅舅。
而瑪格麗特在故事的結局裡，預測也是死了。原著的浮士德歌劇裡，是瓦倫丁發現妹妹失貞後憤怒的去找浮士德決鬥，但浮士德有梅菲斯特的守護，於是瓦倫丁死於魔鬼的刀下，瓦倫丁死前甚至詛咒妹妹不得好死。而瑪格麗特因此精神崩潰，溺死了自己新生的孩子，最後被判死刑。而在遊戲裡的庭院中有個四個十字架的墓碑，分別是「道德」、「名譽」、「哥哥」和「我」，這個「我」不是指主角伊麗莎白，而是稱呼瓦倫丁為哥哥的瑪格麗特。瑪格麗特的死因遊戲裡沒有明說，但是有可能是上吊自殺，調查庭院的大樹會有繩索掉下來，且庭院左側地板上也出現上吊的兔子布偶的影子，還有放有大量布偶的兒童遊戲間中央床上也懸掛著上吊的布偶，這個布偶推測就是在暗指瑪格麗特。至於瓦倫丁，有可能是被分屍並掩埋在波斯菊花叢下，夜晚的庭院裡有插著人手的花圃，且瑪格麗特的日記裡重複著大量「剪掉剪掉剪掉剪掉」，與被分屍的青鳥皆處處暗示著瓦倫丁的結局。
除此之外，被分屍的青鳥還有加在泰迪熊上的鳥翅，我認為也是指瑪格麗特不滿兄長強加諸在她身上對於「幸福」的不同意見，她認為兄長認為的幸福不是自己的幸福。「他為什麼就是不知道，就算把手腳拔掉裝上翅膀我也不會變成鳥。」在瓦倫丁第二次詢問伊麗莎白「你有沒有看到大約這麼高的女生？」時就是在被分屍的青鳥旁，CG的圖可以看見瓦倫丁握著染血的手套。在日記裡瑪格麗特提到大量的紅色波斯菊、也提到窗簾是我最喜歡的紅色，夜晚裡的庭院鴿子變成粉紅色的，說明其實瑪格麗特不是青鳥而是紅色的鳥，所以瓦倫丁怎麼尋找都找不回妹妹（青鳥）。
如果說，青鳥是童話裡虛構出來的生物，其實不存在，那麼尋找青鳥=尋找心智清醒的瑪格麗特，但其實瑪格麗特的精神病是無法醫治的，瓦倫丁想尋找的妹妹，其實根本就不存在。不肯承認妹妹已經喪失道德與名譽的瓦倫丁，就像拒絕承認「家裡那隻紅色的斑鳩不也很漂亮嗎？」的兄妹，當然永遠也找不到心目中的青鳥。
結束第二章節後庭院就會被封閉，無法通行，瓦倫丁先生將永遠徘徊在庭院裡尋找著失蹤的妹妹，呼應了認為「這不是青鳥」的兄妹繼續踏上永無止盡、不斷輪迴的旅途。
接著觸發梅菲斯特的劇情後，會開啟三樓的地圖，進入第三章《小木偶皮諾丘》。
繪本裡出現了一對小木偶，只有皮諾丘被仙女喜愛而成為了小男孩，另一個木偶因此心生嫉妒，想要除而代之。而在席貝爾的日記裡，提到了那個人（亨利）領養了一對雙胞胎，是醫生在療養院關閉前收養的但還沒賣出去的商品，對照醫生的名單上，有可能是指十一月兩個姓梅耶的孩子，其中一個名字就是「伊XXX」，另一個「XXX」真名不詳。
席貝爾的日記裡提到伊麗莎白與瑪格麗特相處的很好，也很願意配合大人們，由於瑪格麗特已經喪失了判斷力，把伊麗莎白當成自己流產的孩子，而另一個雙胞胎則個性陰鬱，甚至會在牆壁上塗鴉、偷看席貝爾的日記，「但在伊麗莎白的堅持下，另一個還是住了下來，我們答應不會將她們分開」，卻只讓伊麗莎白出現在瑪格麗特面前，另一個和席貝爾待在門外。
調查三樓牆壁上的塗鴉文字，時常得到「伊麗莎白喜歡這裡，但是我不會被騙」的字樣，這裡呈現出矛盾。主角伊麗莎白並不想留在宅邸裡，而日記裡的伊麗莎白卻是想喜歡住在這個宅邸裡的。相較之下，另一個雙胞胎就像是荷姆克魯斯，性格憂鬱且冷淡，充滿防備與戒心。
在與荷姆克魯斯的對話中，其實荷姆克魯斯的名字從未出現過，只有在人設才提出荷姆克魯斯這個名字，就和福爾基亞斯三胞胎一樣。陶土做的狐狸與蟋蟀都說「不要相信騙子的話！」「騙子會被角鯊給吃掉」，而荷姆克魯斯也稱伊麗莎白為「騙子」，究竟誰在說謊？進入變成海邊場景的浴室時，伊麗莎白變被蠟筆畫的角鯊給吃掉了，所以伊麗莎白是騙子。
也就是說，主角其實不是伊麗莎白，而是另一個雙胞胎。
在鏡廳得到兔子布娃娃出來後會遇到荷姆克魯斯，對話中有荷姆克魯斯提到「你答應過我的、那些人答應過我的、答應過不會丟掉我的」，要是沒有逃脫荷姆克魯斯的擊殺，就會走入ED1→親愛的伊麗莎白。少女在模糊睡意間看見「要和瑪格麗特出門的伊麗莎白」，想喊著「我才是真正的伊麗莎白」卻發不出聲音來，「伊麗莎白」回頭望了一眼最後離去，眼神間像是在說「妳在說什麼啊？我才是伊麗莎白啊」的坦然與困惑，其實也透露著其實離開的才是伊麗莎白本尊沒錯。
逃脫成功，伊麗莎白會把荷姆克魯斯推下樓梯，強烈的既視感讓她查覺到了一件事，也就是，荷姆克魯斯與自己的真實身份。
她用顫抖的聲音詢問魔鬼：「為什麼你要叫我伊麗莎白？」
沒錯，打從一開始，伊麗莎白這個名字是直到梅菲斯特叫她才有的。於是認知到自己不是伊麗莎白，荷姆克魯斯其實就是潛意識中最真實的自己，察覺到違和感的這點同時也意識到自己所身處的這個宅邸不是現實而是夢境，於是夢境開始撕裂出破綻，進入Final Chapter。
畫面被撕開的黑白鉛筆地圖就是指現實的部分，鏡面旁的字跡「醒來吧把不該帶到現實的東西留在夢裡」是個很重要的提示，沿著黑白鉛筆稿地圖範圍的房間，將女巫帽、雨傘、禮服還給哭泣的影子，哭泣的影子正是過去的自己。如果那時候勇敢一點、樂觀一點、主動一點的話，我就能使自己被愛了，承認問題所在並面對問題，而非逃避現實沉溺夢境，察覺到這一點的少女逐一將身上除了火柴和巧克力以外的所有東西都清掉，包含女巫的九九數木片，這樣才能開始隱藏結局。
如果沒有在三胞胎的捉迷藏中取得木片，就會無法開啟隱藏結局。雖然依照地圖撕裂的方向指示是直接通往大廳樓梯底下密室，但如果在給密室裡哭泣的影子布娃娃前先完成女巫的九九數，就可以得到解開琴房鋼琴的線索，用掉了琴房鑰匙，解開鋼琴的謎團後會得到紅花，貓咪席貝爾會出現，引領主角來到瑪格麗特的房間，開啟隱藏結局的劇情。
抱著布娃娃當成孩子的瑪格麗特，不知為何嫉妒著席貝爾，認為亨利看著的人就是席貝爾，要是「沒有你就好了」，這樣的念頭與當時希望雙胞胎姊妹伊麗莎白不存在的女主角不謀而合，而劇情結束後，地上留下了貓咪與花瓣的屍體。
看完瑪格麗特與席貝爾的劇情後，再去把布娃娃交給哭泣的影子，影子會留下布娃娃消失，如果有解開隱藏路線就會出現「攔下她/不管她」的選項，沒有解開隱藏路線就會直接攔下她喊出「等一下」，也就是破了與梅菲斯特的賭注。
梅菲斯特從娃娃的地方隨著漆黑襲面而來，質問著「你要去哪裡？」開始追擊著少女，要是沒有逃脫，就會進入ED2-夢的延續。少女恍惚地與魔鬼展開永遠美好的茶會，「反正睡著後還是會醒來，醒了後還是會睡著......啊，真希望這一刻可以永遠不要結束。」也就是說，少女輸給了自身內心軟弱的願望，留戀在虛假的美好裡，永遠的留在夢境裡。而睡眠與死亡形同兄弟。浮士德歌劇裡，梅菲斯特與浮士德的賭注，正是死後浮士德的靈魂歸屬魔鬼所有。於是梅菲斯特贏了賭局，獲得了少女的靈魂。
如果從梅菲斯特的追擊中逃脫成功，就會進入True End-浮士德的白日夢。「只有我會幫助你、只有我是你的朋友、只有我會跟你說話、只有我會叫你伊麗莎白……是你輸了，浮士德。」梅菲斯特打從一開始就是主角帶在身上的紫色兔子布娃娃，只有一段時間突然消失然後出現在荷姆克魯斯的手中，而席貝爾的日記裡說道，雙胞胎為了一個布偶吵架，伊麗莎白摔傷了，這也是讓主角發現自己不是伊麗莎白的原因，因為如果真的是伊麗莎白，就會是摔落樓梯而不是推人下樓梯的記憶了。握著身上最後從夢境裡得到的東西，少女用從荷姆克魯斯被推落的樓梯下撿到的剪刀，截斷了魔鬼的話語。
少女從夢境中被嬸嬸叫醒，「什麼，你忘了什麼？什麼東西？爸爸給你的？什麼時候的事？早就壞了吧，要那個做什麼？」、「伊麗莎白已經在等了，我們要回去了。」離開的最後，少女回頭望了一眼，而在被剪刀劃破的布娃娃的鈕扣眼瞳中，倒映著少女轉身而去的身影，接著大門緊緊關上。「浮士德，儘管做夢罷！直到我們再見面為止。」
浮士德這個名字，呼應了遊戲標題「浮士德的噩夢」、以及True End 標題「符士德的白日夢」，這個浮士德不是指父親亨利．浮士德，而是指和梅菲斯特下了賭注的女主角。雖然浮士德也可以是指少女被亨利收養後冠上同樣的姓氏，但我猜想有可能女主角的本名就是浮士德，因為名冊裡第二個姓梅耶的孩子名字也是三個字的。
如果有解開隱藏路線、並給哭泣的影子拿到布娃娃後選擇「不管她」的選項，同樣會被梅菲斯特追擊，但是這次追擊時走的紅色無限走廊不會是蠟筆畫的宗教圖，而是一排紅色空窗中只有一個女人的剪影站在懸掛的上吊繩索旁，有可能是暗示瑪格麗特的死因。逃脫成功後，會出現劇情。
少女跌倒在黑暗中，在即將被黑暗的夢境吞噬的最後一刻……鈴。「往這邊。」傳來了熟悉的鈴聲指引。
少女被人叫醒，她的裙子上放滿著巧克力，是從夢境裡帶回現實的嗎？自稱是過去這棟房子看護的人希望新的屋主可以不要丟掉屋裡的鋼琴，又承認自己並不會彈鋼琴。這名看護即是席貝爾。此為Hidden End-花之歌。
只有解開隱藏結局才拿得到穿長靴的貓的完結篇故事。席貝爾到底是男的是女的？雖然故事沒有明說，但是特點裡提到「古諾的浮士德歌劇裡席貝爾這個角色通常由次女高音穿褲裝反串演出、在這場夢中的席貝爾即使一心一意的付出卻還是受到了瑪格麗特的誤解」，再加上帶著手環等女性化行為，由於與席貝爾相處過的過去回憶荷姆克魯斯也是女扮男裝的模樣，所以推測席貝爾可能也是女扮男裝。
整理一下三角關係：
席貝爾曾經被瑪格麗特所救，她守護著瑪格麗特，拜託亨利．浮士德回應瑪格麗特的愛。瑪格麗特愛著亨利，但亨利對瑪格麗特沒有興趣。瑪格麗特其實也察覺了。「他看著哪裡不管是誰都知道」。
瑪格麗特誤會了席貝爾，但究竟是誤會席貝爾也愛上亨利，還是誤會亨利愛上了席貝爾？亨利看著的人到底是指席貝爾、還是瑪格麗特身後身為市長女兒的權勢？
目前我的理解是，作者故意給人也可以這麼解讀的感覺。雖然繪本上，王子看的方向，老么和貓咪都站在窗邊，可是特點也說了瑪格麗特誤會了席貝爾。既然是誤會就表示席貝爾和亨利之間其實沒有曖昧。而且我覺得從醫生和席貝爾的日記裡，感覺亨利就是個超級惡劣的男人。明明知道醫生幹了什麼勾當，不直接跟席貝爾說，故意給他鑰匙讓她自己去看，然後間接導致席貝爾發現瑪格麗特在名單上而殺害醫生。席貝爾大概也是因為慌了手腳加上瑪格麗特一心愛慕著亨利，才會像亨利尋求協助，請求亨利給瑪格麗特幸福——雖然席貝爾看似堅強獨立，但遇到這樣的問題，還是也充分地表現出女性化柔弱而纖細的一面（無助而依附他人）。本來對於亨利的敵意不知不覺被瓦解並且被利用。而亨利在瑪格麗特的日記裡被描述的無比完美，有一種是故意要讓瑪格麗特喜歡上他的意味在。「是亨利的聲音在陽光裡叫喚我，那不是琴音，是他在窗外唱著的花之歌，只要想著它，旋律就會在腦裡播放。」不過在浮士德的歌劇裡，拿著花在陽台下唱著花之歌的其實是鄰家男孩席貝爾，充滿愛意卻沒有被瑪格麗特理會。將席貝爾的硬皮日記與從圖書館撿到的殘頁拚奏在一起後，就會響起唱片撥放的歌劇女聲，即是《花之歌》。
無論如何，遊戲裡的席貝爾最後離開了瑪格麗特。多年過去，也沒有認出眼前曾與自己相處過的孩子。然而那架被瑪格麗特彈過的鋼琴（花之歌），卻隨著愛意永遠留在席貝爾的心中。
不過我個人越想越覺得亨利是為了權勢與財富才接近瑪格麗特，醫生說「他是想搶走我的贊助者嗎？」，顯示亨利接近瑪格麗特確實是有目的的。他的目的，不管是醫生還是席貝爾都看的出來；他在注視著哪裡，不管是瓦倫丁還是任何人都看得出來，就連瑪格麗特自己也發覺了，「但發現王子在看的並不是她的，意外地有不少人」——是看著「哪裡」而不是看著「誰」？
他看著的說不定不是人而是城堡，亨利的人設只說是宅邸的主人，童話裡也說老么住進了城主的城堡，席貝爾的日記也提到「這是個這麼大的房子，他是那麼好的一個人，而她能成為一個好妻子」，處處皆強調了宅邸本身。為什麼要得到宅邸？為了研究什麼嗎？所以才接近贊助人瑪格麗特？如果宅邸代表著瑪格麗特身為市長女兒背後的權勢與財富，那便可以解釋小木偶皮諾丘繪本裡，「得到了仙女（瑪格麗特）的金幣，木匠（亨利）也變得富有」的這段話。說不定瑪格麗特誤會席貝爾也是亨利在挑撥離間。兄長死了，席貝爾也離開後，亨利名正言順得到瑪格麗特的財產，精神不正常的瑪格麗特失去價值變成了燙手山芋，美夢破碎的瑪格麗特最後自殺，而雙胞胎大概是亨利覺得無所謂的被留下來。
所以，問題到底出在哪裡呢？就出在亨利．浮士德，瑪格麗特與席貝爾都不該相信這個騙子。
調查宅邸內的眾多書櫃，可以得到許多有關弗洛依德《夢的解析》、魔像、人造人等資訊。其實都是在暗示著主角，這其實只是主角的夢境。甚至，不只是主角的，而是很多人的夢境：瑪格麗特的夢境（幸福的與亨利生下孩子組成家庭）、席貝爾的夢境（不願看見瑪格麗特在現實中受苦，寧願看見沉溺在虛幻夢境中幸福的瑪格麗特）、瓦倫丁的夢境（不承認行為敗壞的瑪格麗特，死前詛咒妹妹，死後卻忘了詛咒並不斷徘徊尋找著心目中純潔的瑪格麗特，甚至沒有察覺到自己已死亡的事實）……這也可以解釋為什麼少女在夢中見到了自己不認識的瓦倫丁，因為是所有人的夢境交集，梅菲斯特也說，瓦倫丁是「闖進來的」。如果說，宅邸內的領域就是梅菲斯特所創造出來的夢境，那瓦倫丁便是闖入這夢境的外來者（靈魂），而梅菲斯特正是這場黑暗的夢境本身。
弗洛依德《夢的解析》提到夢境是內心的願望，所以梅菲斯特其實是每個人在心底最深處的陰暗願望，誘惑著每個人沉溺在自欺欺人的幸福假象中，逃避現實、不願面對真相而產生。
真正的噩夢不是恐怖，而是美到讓人不願醒來的美夢。「夢境」就像是關著人造人的燒瓶，若是接觸到現實的空氣裡會使人造人受傷，於是給自己創造出一個隔離罩，將自己封閉在狹小的內心世界裡不敢出來。
在浮士德的歌劇裡，荷姆克魯斯意即人造人，由浮士德的學生兼助手華格納所製造。在遊戲裡，華格納進行著非法器官買賣，遊戲裡提到許多有關魔像與人造人的線索，還有像是將青鳥的肢體移植到泰迪熊上、在缺少臉/嘴/眼睛的三隻泰迪熊裝上陶瓷面具/人的牙齒/魚眼睛和假的眼睛，其實都在誤導著荷姆克魯斯的身份，人物簡介也以「態度冰冷得像具木偶」來誤導玩家，讓玩家以為荷姆克魯斯是被進行各種器官移植培育出來的人照人，但其實荷姆克魯斯是活生生的人，或者該說是主角內心中的自己，而「伊麗莎白」是主角的願望。主角渴望成為「伊麗莎白」，而荷姆克魯斯就是變成「伊麗莎白」後眼中的自己。所以在ED1-親愛的伊麗莎白結局，如同過去主角渴望取代「伊麗莎白」（另一個小木偶取代了皮諾丘），荷姆克魯斯也渴望著取代主角，這是注定的迴圈。若是承認自己是伊麗莎白，就等於是承認了過去的自己荷姆克魯斯也能取代了自己，所以輸給了自我的陰暗願望，永遠迷失在噩夢中。
至於為何席貝爾在夢中是以貓咪的姿態出沒？在少女進入宅邸一開始見到的貓咪脖子上是沒有白色領巾的。也許是真的野貓。而在隱藏結局裡，顯然少女也沒有認出席貝爾是當年照顧自己的看護，換言之少女已經記不得席貝爾的面容，於是將席貝爾投影到黑貓的形象上。席貝爾自己也遺忘了許多事。從噩夢中掙扎醒來的兩人在現實中重逢，席貝爾想留下的鋼琴是為了瑪格麗特還是曾經彈奏過的那孩子？欲言又止的結局無從得知。
（我很想私心腦補席貝爾是去自首殺了華格納醫生等罪行服刑，才消失了這麼多年。）
還有一種說法，有關True End-浮士德的白日夢，白日夢是指少女原先困在宅邸裡所做的夢？還是她以為醒來的現實其實也只是另一個更大更美好的夢境？也就是夢中夢。夢見自己醒來的少女依舊身處在夢中，仔細回想，True End的分歧點裡，少女還是出聲攔下了影子，特點裡也提到了，「卻還是挽留了一段不該重來的時光」，這裡挽留了一段不該重來的時光，是否是指，少女過去的影子因為孤單而哭泣，在得到了布娃娃後卻又將之拋諸身後離去，其實是暗示過去總被忽視的少女終於得到了唯一的陪伴（席貝爾），但最後卻和席貝爾分開與遺忘，於是女主角忍不住想攔下離開的影子，挽留了那段與席貝爾相處的時光？也就是說，少女還是輸了賭注？所以梅菲斯特才會說，「浮士德，儘管做夢罷！直到我們再見面為止。」
第一章《穿長靴的貓》→瑪格麗特、席貝爾、亨利．浮士德的三角戀。
第二章《青鳥》→瑪格麗特與兄長瓦倫丁的衝突。
第三章《小木偶皮諾丘》→伊麗莎白與荷姆克魯斯的真實身份。
其中也穿插了其他童話，像是三隻小豬→福爾基亞斯三胞胎。
故事從少女父親的葬禮開始，不確定亨利．浮士德是否父親真名，少女對於葬禮感到厭煩，並且不想進入父親遺產的宅邸裡，嬸嬸無奈笑道：「只是進去確認一下有什麼東西而已。你放心，現在它是你們的東西了。」這裡其實是第一個伏筆。
少女進入了宅邸，接著遇到了紫色的魔鬼，紫色魔鬼問少女「你在這裡做什麼？如果要出去可否順便把門帶上？」由於一時嘴快，少女回道：「我才不要出去！」但其實少女打從一開始就不想進來，於是少女很快也後悔自己的口是心非。
於是紫色魔鬼譏笑反問少女，眼中甚至帶著欣喜：
「真的嗎？」
「伊麗莎白。」
「你回來了。」
直到這裡玩家才知道女主角的名字，此為一個伏筆。
而少女在一開始的態度，是消極的、厭煩的、不想進入宅邸、想離開宅邸的。雖然一時嘴快說「我才不要出去」，但當門出現後，少女還是反射性地衝出去，想要離開，卻發現，玄關的大門已經不見了只剩下牆。
這時畫面快速切換，先是一排病床的病房、站在少女位置的荷姆克魯斯、染血的地毯、接著紫色的人影又再次出現在少女身後。
在與對方辯論大門在哪裡的對話中，少女感到了倦意，同時也突然感到困惑，「為什麼你知道伊麗莎白這個名字？」，然後緩緩閉上眼睛，陷入黑暗，似乎就是暗示著夢境的開始。
醒來時是在床上，進入Item確認布娃娃，「不知道是什麼時候拿在手上」，仔細一看其實兔子布娃娃的造型是紫色的，手腳細長等特徵。重複調查有時會出現「只有倒映在布娃娃眼中的自己偶爾會笑」。
走到大廳後遇到了那自稱是「否定一切的精靈」的梅菲斯特。梅菲斯特與少女打了個賭，「如果你一直都很想離開，我會告訴你出去的路。但是如果你對在這裡度過的任何一秒惋惜，對經過的任何一秒說『你真美好，請你留下！』，那就是你輸了。」
於是少女開始尋找出口。
在Chapter 1.《穿長靴的貓》裡，交叉比對繪本、瑪格麗特、席貝爾、華格納醫生的日記，可以得知瑪格麗特是市長的女兒，有著精神疾病，住在療養院，同時也是華格納醫生的贊助人。雖然故事裡沒有明說，但是華格納醫生似乎經營著非法器官買賣與研究，時常收養一些孤兒並當成商品買賣，其中被瑪格麗特當成妖精的三胞胎，就是福爾基亞斯，也是其中的受害者。
「福爾基亞斯」的英文 Phorkyaden 是希臘神話中共用一顆眼睛與牙齒的三位命運女神，在歌劇浮士德中第二部出沒。在醫生的名單裡，對應瑪格麗特遇到妖精的十月有著三個同樣姓穆勒的名字，應該就是指福爾基亞斯三胞胎，第三名孩子名字旁註記著「眼角膜」，而其中一個福爾基亞斯便是用繃帶包著雙眼。三隻小豬的掛畫裡，只有小弟的畫被惡意的描繪成香腸。在與少女的捉迷藏遊戲中，只要有出現三隻小豬《Who's Afraid of the Big Bad Wolf》（誰怕大野狼）的音樂就是有三胞胎藏匿的房間，而換三胞胎當鬼時，三胞胎手上都拿著繩索，對主角進行擊殺時背景音會出現繩索勒緊的聲響，在官網的人物介紹圖裡，福爾基亞斯也是吊掛在繩索上的，因此推測三胞胎最後在醫生的器官賣賣與研究中，是被勒死與上吊的。
遊戲裡的席貝爾雖然看似只是隻黑貓，但其實是個人，後續被描述成黑色的看護，在日記裡自述「當我像隻流浪貓般落魄時，是她笑著伸出了手。」一如童話裡獲得了靴子的貓，被瑪格麗特拯救的席貝爾因此守護著瑪格麗特，在醫生的日記裡，被醫生當成是「市長的眼線」。
《穿長靴的貓》童話故事裡，老么（瑪格麗特）愛上了王子（亨利），卻被魔王關了起來，而穿長靴的貓把魔王給吃掉了。瑪格麗特的日記裡說「被母親禁止與那個人見面」，然而席貝爾的日記裡卻說，「家裡已經沒有人期待瑪格麗特回來了，也許對她而言，療養院才是家，從小看到大的醫生就像母親一樣吧」，由此可知，魔王=母親=華格納醫生。
「我們把母親留在水池旁」，而在水池旁就發現了席貝爾丟掉的斧頭和手環。在醫院的場景發現醫生的手冊名單時，伊麗莎白的背後也出現了高舉斧頭的人影襲擊，與Chapter 3出現過一名女醫師被黑衣看護持斧砍殺的鏡頭相同，也就是說伊麗莎白讀到名單時的位置，正好就是華格納醫生被砍殺時的位置。在Chapter 2調查地窖裡的酒窖，原本酒桶上寫的是動物的名字，在得到道具後也會變成人名，其中的「艾瑪」就在醫師的手冊名單上，註記著「七品脫」。酒窖裡的紅酒其實是鮮血。
簡單來說，在亨利的引導下，席貝爾發現了醫生買賣器官的名單上出現著瑪格麗特的名字，在一時衝動之下，砍殺了醫生，最後和瑪格麗特一同將屍體掩埋在水池旁。席貝爾事後承認自己慌了手腳，最後向亨利尋求協助。但在一開始，席貝爾其實知道亨利對瑪格麗特別有居心，但是卻因為瑪格麗特的笑容而向亨利妥協了。
席貝爾寫信給瓦倫丁，謊稱華格納醫生在風雪中失蹤，並聲稱瑪格麗特過得很好。然而瓦倫丁依舊不顧勸阻，前來尋找瑪格麗特想親眼確認她的狀況，此時瑪格麗特已經有了亨利的孩子，害怕兄長的到來。重複調查瑪格麗特日記，可以發現不同的內容，第一遍是正常樂觀的，第二遍是恐懼負面的。
第二章《青鳥》裡，伊麗莎白在庭院裡發現了瓦倫丁。一邊喊著頭痛、為什麼我會躺在這裡，要伊麗莎白趕快回家別待在這裡很危險的瓦倫丁，面容憔悴且急急忙忙的尋找著誰，就像是在尋找著童話裡的青鳥（妹妹）。
在這個章節，伊麗莎白總共會有四次與瓦倫丁的對話。其中第二次與第三次的對話內容是完全相同而重複的。然而瓦倫丁像是沒有認出眼前的少女，不斷詢問同樣的問題「妳有沒有看到一個女孩子經過這裡？」，對伊麗莎白而言，瓦倫丁是她名義上的舅舅，但她也沒有認出眼前的男人，暗示著舅甥兩人其實從未見過面。
童話裡的兄妹尋找青鳥，到擁有藥和針頭與機械的國度，但都沒有找到青鳥→瓦倫丁尋找各種治療瑪格麗特精神疾病的方法但都無效。
後來在天國抓到了青鳥→瑪格麗特病情一度好轉。其時間點是在醫生被殺死的半年後，她開始與亨利同居，認為這就是她的幸福，然而天國雖然象徵美好但也是死者的國度，也就是說，是虛假的幸福。
在回家的路上，青鳥變成紅色的了→瓦倫丁發現瑪格麗特的精神狀況其實根本就沒有好轉，而是活在自欺欺人的幻想裡。瓦倫丁看出亨利並不愛著妹妹，而妹妹卻與亨利私通未婚懷孕，對於妹妹失貞並所愛非人感到憤怒的瓦倫丁責罵妹妹，認定這不是他那乖巧純潔的妹妹，在與伊麗莎白的對話中也強調「她這麼乖，一定是被拐來的」，瓦倫丁堅持要帶走瑪格麗特並要她離開亨利，然而在兄妹兩人爭吵的過程中，卻被瑪格麗特推下陽台，墜樓而死。瑪格麗特的房間外有幅破碎的女子肖像畫，平時若去調查會被玻璃刺傷，然而在兄妹爭吵的劇情中調查，肖像畫的名稱是《憤怒的少女》。
而在Item項目裡，種在盆栽裡的種子在不知不覺間發芽開花，卻在瓦倫丁與瑪格麗特爭執的陽台上，從伊麗莎白的手中摔落成碎片。這裡呼籲著瑪格麗特的日記裡「紅色波斯菊、再十個月就會開花」、「快開花了，我的孩子」，種子在盆栽裡發芽，其實就是指，瑪格麗特懷有身孕的事。孩子在瑪格麗特的體內悄悄茁壯，然而摔裂的盆栽，也暗示著孩子尚未滿十個月，便在這場兄妹爭吵中流產了。劇情裡的CG只露出伊麗莎白的梅菲斯特的腿和破碎的盆栽，然而仔細一看，伊麗莎白在陽台上的倒影，雙腿是流著血的。倒影裡的腿其實是流產的瑪格麗特。
墜樓後的瓦倫丁再次與伊麗莎白再次對話，會發現對話與第一次相遇時一樣，事實上，瓦倫丁墜樓的地點與伊麗莎白第一次遇見她的地點，也是是一樣的。所以，在遊戲中的一開始瓦倫丁就已經死了，因此伊麗莎白不認得這個素未謀面的舅舅。
而瑪格麗特在故事的結局裡，預測也是死了。原著的浮士德歌劇裡，是瓦倫丁發現妹妹失貞後憤怒的去找浮士德決鬥，但浮士德有梅菲斯特的守護，於是瓦倫丁死於魔鬼的刀下，瓦倫丁死前甚至詛咒妹妹不得好死。而瑪格麗特因此精神崩潰，溺死了自己新生的孩子，最後被判死刑。而在遊戲裡的庭院中有個四個十字架的墓碑，分別是「道德」、「名譽」、「哥哥」和「我」，這個「我」不是指主角伊麗莎白，而是稱呼瓦倫丁為哥哥的瑪格麗特。瑪格麗特的死因遊戲裡沒有明說，但是有可能是上吊自殺，調查庭院的大樹會有繩索掉下來，且庭院左側地板上也出現上吊的兔子布偶的影子，還有放有大量布偶的兒童遊戲間中央床上也懸掛著上吊的布偶，這個布偶推測就是在暗指瑪格麗特。至於瓦倫丁，有可能是被分屍並掩埋在波斯菊花叢下，夜晚的庭院裡有插著人手的花圃，且瑪格麗特的日記裡重複著大量「剪掉剪掉剪掉剪掉」，與被分屍的青鳥皆處處暗示著瓦倫丁的結局。
除此之外，被分屍的青鳥還有加在泰迪熊上的鳥翅，我認為也是指瑪格麗特不滿兄長強加諸在她身上對於「幸福」的不同意見，她認為兄長認為的幸福不是自己的幸福。「他為什麼就是不知道，就算把手腳拔掉裝上翅膀我也不會變成鳥。」在瓦倫丁第二次詢問伊麗莎白「你有沒有看到大約這麼高的女生？」時就是在被分屍的青鳥旁，CG的圖可以看見瓦倫丁握著染血的手套。在日記裡瑪格麗特提到大量的紅色波斯菊、也提到窗簾是我最喜歡的紅色，夜晚裡的庭院鴿子變成粉紅色的，說明其實瑪格麗特不是青鳥而是紅色的鳥，所以瓦倫丁怎麼尋找都找不回妹妹（青鳥）。
如果說，青鳥是童話裡虛構出來的生物，其實不存在，那麼尋找青鳥=尋找心智清醒的瑪格麗特，但其實瑪格麗特的精神病是無法醫治的，瓦倫丁想尋找的妹妹，其實根本就不存在。不肯承認妹妹已經喪失道德與名譽的瓦倫丁，就像拒絕承認「家裡那隻紅色的斑鳩不也很漂亮嗎？」的兄妹，當然永遠也找不到心目中的青鳥。
結束第二章節後庭院就會被封閉，無法通行，瓦倫丁先生將永遠徘徊在庭院裡尋找著失蹤的妹妹，呼應了認為「這不是青鳥」的兄妹繼續踏上永無止盡、不斷輪迴的旅途。
接著觸發梅菲斯特的劇情後，會開啟三樓的地圖，進入第三章《小木偶皮諾丘》。
繪本裡出現了一對小木偶，只有皮諾丘被仙女喜愛而成為了小男孩，另一個木偶因此心生嫉妒，想要除而代之。而在席貝爾的日記裡，提到了那個人（亨利）領養了一對雙胞胎，是醫生在療養院關閉前收養的但還沒賣出去的商品，對照醫生的名單上，有可能是指十一月兩個姓梅耶的孩子，其中一個名字就是「伊XXX」，另一個「XXX」真名不詳。
席貝爾的日記裡提到伊麗莎白與瑪格麗特相處的很好，也很願意配合大人們，由於瑪格麗特已經喪失了判斷力，把伊麗莎白當成自己流產的孩子，而另一個雙胞胎則個性陰鬱，甚至會在牆壁上塗鴉、偷看席貝爾的日記，「但在伊麗莎白的堅持下，另一個還是住了下來，我們答應不會將她們分開」，卻只讓伊麗莎白出現在瑪格麗特面前，另一個和席貝爾待在門外。
調查三樓牆壁上的塗鴉文字，時常得到「伊麗莎白喜歡這裡，但是我不會被騙」的字樣，這裡呈現出矛盾。主角伊麗莎白並不想留在宅邸裡，而日記裡的伊麗莎白卻是想喜歡住在這個宅邸裡的。相較之下，另一個雙胞胎就像是荷姆克魯斯，性格憂鬱且冷淡，充滿防備與戒心。
在與荷姆克魯斯的對話中，其實荷姆克魯斯的名字從未出現過，只有在人設才提出荷姆克魯斯這個名字，就和福爾基亞斯三胞胎一樣。陶土做的狐狸與蟋蟀都說「不要相信騙子的話！」「騙子會被角鯊給吃掉」，而荷姆克魯斯也稱伊麗莎白為「騙子」，究竟誰在說謊？進入變成海邊場景的浴室時，伊麗莎白變被蠟筆畫的角鯊給吃掉了，所以伊麗莎白是騙子。
也就是說，主角其實不是伊麗莎白，而是另一個雙胞胎。
在鏡廳得到兔子布娃娃出來後會遇到荷姆克魯斯，對話中有荷姆克魯斯提到「你答應過我的、那些人答應過我的、答應過不會丟掉我的」，要是沒有逃脫荷姆克魯斯的擊殺，就會走入ED1→親愛的伊麗莎白。少女在模糊睡意間看見「要和瑪格麗特出門的伊麗莎白」，想喊著「我才是真正的伊麗莎白」卻發不出聲音來，「伊麗莎白」回頭望了一眼最後離去，眼神間像是在說「妳在說什麼啊？我才是伊麗莎白啊」的坦然與困惑，其實也透露著其實離開的才是伊麗莎白本尊沒錯。
逃脫成功，伊麗莎白會把荷姆克魯斯推下樓梯，強烈的既視感讓她查覺到了一件事，也就是，荷姆克魯斯與自己的真實身份。
她用顫抖的聲音詢問魔鬼：「為什麼你要叫我伊麗莎白？」
沒錯，打從一開始，伊麗莎白這個名字是直到梅菲斯特叫她才有的。於是認知到自己不是伊麗莎白，荷姆克魯斯其實就是潛意識中最真實的自己，察覺到違和感的這點同時也意識到自己所身處的這個宅邸不是現實而是夢境，於是夢境開始撕裂出破綻，進入Final Chapter。
畫面被撕開的黑白鉛筆地圖就是指現實的部分，鏡面旁的字跡「醒來吧把不該帶到現實的東西留在夢裡」是個很重要的提示，沿著黑白鉛筆稿地圖範圍的房間，將女巫帽、雨傘、禮服還給哭泣的影子，哭泣的影子正是過去的自己。如果那時候勇敢一點、樂觀一點、主動一點的話，我就能使自己被愛了，承認問題所在並面對問題，而非逃避現實沉溺夢境，察覺到這一點的少女逐一將身上除了火柴和巧克力以外的所有東西都清掉，包含女巫的九九數木片，這樣才能開始隱藏結局。
如果沒有在三胞胎的捉迷藏中取得木片，就會無法開啟隱藏結局。雖然依照地圖撕裂的方向指示是直接通往大廳樓梯底下密室，但如果在給密室裡哭泣的影子布娃娃前先完成女巫的九九數，就可以得到解開琴房鋼琴的線索，用掉了琴房鑰匙，解開鋼琴的謎團後會得到紅花，貓咪席貝爾會出現，引領主角來到瑪格麗特的房間，開啟隱藏結局的劇情。
抱著布娃娃當成孩子的瑪格麗特，不知為何嫉妒著席貝爾，認為亨利看著的人就是席貝爾，要是「沒有你就好了」，這樣的念頭與當時希望雙胞胎姊妹伊麗莎白不存在的女主角不謀而合，而劇情結束後，地上留下了貓咪與花瓣的屍體。
看完瑪格麗特與席貝爾的劇情後，再去把布娃娃交給哭泣的影子，影子會留下布娃娃消失，如果有解開隱藏路線就會出現「攔下她/不管她」的選項，沒有解開隱藏路線就會直接攔下她喊出「等一下」，也就是破了與梅菲斯特的賭注。
梅菲斯特從娃娃的地方隨著漆黑襲面而來，質問著「你要去哪裡？」開始追擊著少女，要是沒有逃脫，就會進入ED2-夢的延續。少女恍惚地與魔鬼展開永遠美好的茶會，「反正睡著後還是會醒來，醒了後還是會睡著......啊，真希望這一刻可以永遠不要結束。」也就是說，少女輸給了自身內心軟弱的願望，留戀在虛假的美好裡，永遠的留在夢境裡。而睡眠與死亡形同兄弟。浮士德歌劇裡，梅菲斯特與浮士德的賭注，正是死後浮士德的靈魂歸屬魔鬼所有。於是梅菲斯特贏了賭局，獲得了少女的靈魂。
如果從梅菲斯特的追擊中逃脫成功，就會進入True End-浮士德的白日夢。「只有我會幫助你、只有我是你的朋友、只有我會跟你說話、只有我會叫你伊麗莎白……是你輸了，浮士德。」梅菲斯特打從一開始就是主角帶在身上的紫色兔子布娃娃，只有一段時間突然消失然後出現在荷姆克魯斯的手中，而席貝爾的日記裡說道，雙胞胎為了一個布偶吵架，伊麗莎白摔傷了，這也是讓主角發現自己不是伊麗莎白的原因，因為如果真的是伊麗莎白，就會是摔落樓梯而不是推人下樓梯的記憶了。握著身上最後從夢境裡得到的東西，少女用從荷姆克魯斯被推落的樓梯下撿到的剪刀，截斷了魔鬼的話語。
少女從夢境中被嬸嬸叫醒，「什麼，你忘了什麼？什麼東西？爸爸給你的？什麼時候的事？早就壞了吧，要那個做什麼？」、「伊麗莎白已經在等了，我們要回去了。」離開的最後，少女回頭望了一眼，而在被剪刀劃破的布娃娃的鈕扣眼瞳中，倒映著少女轉身而去的身影，接著大門緊緊關上。「浮士德，儘管做夢罷！直到我們再見面為止。」
浮士德這個名字，呼應了遊戲標題「浮士德的噩夢」、以及True End 標題「符士德的白日夢」，這個浮士德不是指父親亨利．浮士德，而是指和梅菲斯特下了賭注的女主角。雖然浮士德也可以是指少女被亨利收養後冠上同樣的姓氏，但我猜想有可能女主角的本名就是浮士德，因為名冊裡第二個姓梅耶的孩子名字也是三個字的。
如果有解開隱藏路線、並給哭泣的影子拿到布娃娃後選擇「不管她」的選項，同樣會被梅菲斯特追擊，但是這次追擊時走的紅色無限走廊不會是蠟筆畫的宗教圖，而是一排紅色空窗中只有一個女人的剪影站在懸掛的上吊繩索旁，有可能是暗示瑪格麗特的死因。逃脫成功後，會出現劇情。
少女跌倒在黑暗中，在即將被黑暗的夢境吞噬的最後一刻……鈴。「往這邊。」傳來了熟悉的鈴聲指引。
少女被人叫醒，她的裙子上放滿著巧克力，是從夢境裡帶回現實的嗎？自稱是過去這棟房子看護的人希望新的屋主可以不要丟掉屋裡的鋼琴，又承認自己並不會彈鋼琴。這名看護即是席貝爾。此為Hidden End-花之歌。
只有解開隱藏結局才拿得到穿長靴的貓的完結篇故事。席貝爾到底是男的是女的？雖然故事沒有明說，但是特點裡提到「古諾的浮士德歌劇裡席貝爾這個角色通常由次女高音穿褲裝反串演出、在這場夢中的席貝爾即使一心一意的付出卻還是受到了瑪格麗特的誤解」，再加上帶著手環等女性化行為，由於與席貝爾相處過的過去回憶荷姆克魯斯也是女扮男裝的模樣，所以推測席貝爾可能也是女扮男裝。
整理一下三角關係：
席貝爾曾經被瑪格麗特所救，她守護著瑪格麗特，拜託亨利．浮士德回應瑪格麗特的愛。瑪格麗特愛著亨利，但亨利對瑪格麗特沒有興趣。瑪格麗特其實也察覺了。「他看著哪裡不管是誰都知道」。
瑪格麗特誤會了席貝爾，但究竟是誤會席貝爾也愛上亨利，還是誤會亨利愛上了席貝爾？亨利看著的人到底是指席貝爾、還是瑪格麗特身後身為市長女兒的權勢？
目前我的理解是，作者故意給人也可以這麼解讀的感覺。雖然繪本上，王子看的方向，老么和貓咪都站在窗邊，可是特點也說了瑪格麗特誤會了席貝爾。既然是誤會就表示席貝爾和亨利之間其實沒有曖昧。而且我覺得從醫生和席貝爾的日記裡，感覺亨利就是個超級惡劣的男人。明明知道醫生幹了什麼勾當，不直接跟席貝爾說，故意給他鑰匙讓她自己去看，然後間接導致席貝爾發現瑪格麗特在名單上而殺害醫生。席貝爾大概也是因為慌了手腳加上瑪格麗特一心愛慕著亨利，才會像亨利尋求協助，請求亨利給瑪格麗特幸福——雖然席貝爾看似堅強獨立，但遇到這樣的問題，還是也充分地表現出女性化柔弱而纖細的一面（無助而依附他人）。本來對於亨利的敵意不知不覺被瓦解並且被利用。而亨利在瑪格麗特的日記裡被描述的無比完美，有一種是故意要讓瑪格麗特喜歡上他的意味在。「是亨利的聲音在陽光裡叫喚我，那不是琴音，是他在窗外唱著的花之歌，只要想著它，旋律就會在腦裡播放。」不過在浮士德的歌劇裡，拿著花在陽台下唱著花之歌的其實是鄰家男孩席貝爾，充滿愛意卻沒有被瑪格麗特理會。將席貝爾的硬皮日記與從圖書館撿到的殘頁拚奏在一起後，就會響起唱片撥放的歌劇女聲，即是《花之歌》。
無論如何，遊戲裡的席貝爾最後離開了瑪格麗特。多年過去，也沒有認出眼前曾與自己相處過的孩子。然而那架被瑪格麗特彈過的鋼琴（花之歌），卻隨著愛意永遠留在席貝爾的心中。
不過我個人越想越覺得亨利是為了權勢與財富才接近瑪格麗特，醫生說「他是想搶走我的贊助者嗎？」，顯示亨利接近瑪格麗特確實是有目的的。他的目的，不管是醫生還是席貝爾都看的出來；他在注視著哪裡，不管是瓦倫丁還是任何人都看得出來，就連瑪格麗特自己也發覺了，「但發現王子在看的並不是她的，意外地有不少人」——是看著「哪裡」而不是看著「誰」？
他看著的說不定不是人而是城堡，亨利的人設只說是宅邸的主人，童話裡也說老么住進了城主的城堡，席貝爾的日記也提到「這是個這麼大的房子，他是那麼好的一個人，而她能成為一個好妻子」，處處皆強調了宅邸本身。為什麼要得到宅邸？為了研究什麼嗎？所以才接近贊助人瑪格麗特？如果宅邸代表著瑪格麗特身為市長女兒背後的權勢與財富，那便可以解釋小木偶皮諾丘繪本裡，「得到了仙女（瑪格麗特）的金幣，木匠（亨利）也變得富有」的這段話。說不定瑪格麗特誤會席貝爾也是亨利在挑撥離間。兄長死了，席貝爾也離開後，亨利名正言順得到瑪格麗特的財產，精神不正常的瑪格麗特失去價值變成了燙手山芋，美夢破碎的瑪格麗特最後自殺，而雙胞胎大概是亨利覺得無所謂的被留下來。
所以，問題到底出在哪裡呢？就出在亨利．浮士德，瑪格麗特與席貝爾都不該相信這個騙子。
調查宅邸內的眾多書櫃，可以得到許多有關弗洛依德《夢的解析》、魔像、人造人等資訊。其實都是在暗示著主角，這其實只是主角的夢境。甚至，不只是主角的，而是很多人的夢境：瑪格麗特的夢境（幸福的與亨利生下孩子組成家庭）、席貝爾的夢境（不願看見瑪格麗特在現實中受苦，寧願看見沉溺在虛幻夢境中幸福的瑪格麗特）、瓦倫丁的夢境（不承認行為敗壞的瑪格麗特，死前詛咒妹妹，死後卻忘了詛咒並不斷徘徊尋找著心目中純潔的瑪格麗特，甚至沒有察覺到自己已死亡的事實）……這也可以解釋為什麼少女在夢中見到了自己不認識的瓦倫丁，因為是所有人的夢境交集，梅菲斯特也說，瓦倫丁是「闖進來的」。如果說，宅邸內的領域就是梅菲斯特所創造出來的夢境，那瓦倫丁便是闖入這夢境的外來者（靈魂），而梅菲斯特正是這場黑暗的夢境本身。
弗洛依德《夢的解析》提到夢境是內心的願望，所以梅菲斯特其實是每個人在心底最深處的陰暗願望，誘惑著每個人沉溺在自欺欺人的幸福假象中，逃避現實、不願面對真相而產生。
真正的噩夢不是恐怖，而是美到讓人不願醒來的美夢。「夢境」就像是關著人造人的燒瓶，若是接觸到現實的空氣裡會使人造人受傷，於是給自己創造出一個隔離罩，將自己封閉在狹小的內心世界裡不敢出來。
在浮士德的歌劇裡，荷姆克魯斯意即人造人，由浮士德的學生兼助手華格納所製造。在遊戲裡，華格納進行著非法器官買賣，遊戲裡提到許多有關魔像與人造人的線索，還有像是將青鳥的肢體移植到泰迪熊上、在缺少臉/嘴/眼睛的三隻泰迪熊裝上陶瓷面具/人的牙齒/魚眼睛和假的眼睛，其實都在誤導著荷姆克魯斯的身份，人物簡介也以「態度冰冷得像具木偶」來誤導玩家，讓玩家以為荷姆克魯斯是被進行各種器官移植培育出來的人照人，但其實荷姆克魯斯是活生生的人，或者該說是主角內心中的自己，而「伊麗莎白」是主角的願望。主角渴望成為「伊麗莎白」，而荷姆克魯斯就是變成「伊麗莎白」後眼中的自己。所以在ED1-親愛的伊麗莎白結局，如同過去主角渴望取代「伊麗莎白」（另一個小木偶取代了皮諾丘），荷姆克魯斯也渴望著取代主角，這是注定的迴圈。若是承認自己是伊麗莎白，就等於是承認了過去的自己荷姆克魯斯也能取代了自己，所以輸給了自我的陰暗願望，永遠迷失在噩夢中。
至於為何席貝爾在夢中是以貓咪的姿態出沒？在少女進入宅邸一開始見到的貓咪脖子上是沒有白色領巾的。也許是真的野貓。而在隱藏結局裡，顯然少女也沒有認出席貝爾是當年照顧自己的看護，換言之少女已經記不得席貝爾的面容，於是將席貝爾投影到黑貓的形象上。席貝爾自己也遺忘了許多事。從噩夢中掙扎醒來的兩人在現實中重逢，席貝爾想留下的鋼琴是為了瑪格麗特還是曾經彈奏過的那孩子？欲言又止的結局無從得知。
（我很想私心腦補席貝爾是去自首殺了華格納醫生等罪行服刑，才消失了這麼多年。）
還有一種說法，有關True End-浮士德的白日夢，白日夢是指少女原先困在宅邸裡所做的夢？還是她以為醒來的現實其實也只是另一個更大更美好的夢境？也就是夢中夢。夢見自己醒來的少女依舊身處在夢中，仔細回想，True End的分歧點裡，少女還是出聲攔下了影子，特點裡也提到了，「卻還是挽留了一段不該重來的時光」，這裡挽留了一段不該重來的時光，是否是指，少女過去的影子因為孤單而哭泣，在得到了布娃娃後卻又將之拋諸身後離去，其實是暗示過去總被忽視的少女終於得到了唯一的陪伴（席貝爾），但最後卻和席貝爾分開與遺忘，於是女主角忍不住想攔下離開的影子，挽留了那段與席貝爾相處的時光？也就是說，少女還是輸了賭注？所以梅菲斯特才會說，「浮士德，儘管做夢罷！直到我們再見面為止。」
